使用scvi算法进行单细胞测序数据的整合，一方面需要reticulate包，另一方面则需要安装在conda环境中的scvi-tools包及其依赖项。前者可以通过install.packages()语句从CRAN中下载，而本文章将介绍如何从零开始安装scvi-tools。

参考教程如下：

安装Anaconda

打开Anaconda官网，点击右上角的“Free Download”，注册并登录后即可下载。

下载完成后打开安装包，可见如下界面。点击Next >。

点击I Agree。

点击All users (requires admin privileges)。

选择存储位置时，强烈不建议存储在C盘，因为它安装完占用的空间不小。更改完存储路径后点击Next >。

全勾选上再点Next >。我看的教程使用的是老版本，没有详细的介绍和推荐，因此我根据安装程序建议，全部勾选。

完成安装。


Win+R打开运行对话框，输入sysdm.cpl。

依次点击高级—环境变量。

单击用户变量这一栏的Path，点击编辑。

点击新建，并依次添加如图所示的三个路径（以安装在D盘的software文件夹为例）：

点击确定，直至上述窗口全部关闭。然后再次Win+R打开运行对话框，输入cmd以打开命令提示符。

在新打开的窗口中输入conda --version，如返回版本号则说明配置成功。

在Windows搜索栏中输入cmd，找到“命令提示符”，并点击以管理员身份运行。

在新打开窗口中输入并回车，以切换清华镜像源。

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conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes

安装scvi-tools

以管理员身份打开命令提示符，输入conda create -n scvi-env python=3.12并回车。

输入conda init并回车，运行完毕后关闭窗口，并重新以管理员身份打开。

输入conda activate scvi-env激活环境，然后输入pip install -U scvi-tools来快速安装scvi-tools。

输入conda install -c conda-forge r-base r-essentials r-reticulate并回车，运行之后scvi-tools即配置完成。

输入conda info --envs，获得scvi-env环境的绝对路径，输出如下：

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(scvi-env) C:\Windows\System32>conda info --envs

# conda environments:
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base                   D:\software\Anaconda
scvi-env             * D:\software\Anaconda\envs\scvi-env

复制scvi-env的路径备用。

其他依赖项安装

依旧在命令提示符中，安装scanpy：pip install scanpy。