Nahida
Nahida的净善宫
智慧树上智慧果，智慧树下你和我
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生信小记：将交互式图象上传到自己的Hexo博客
在上一篇教程中，我们生成了一个可交互的图象。在本篇教程中将会介绍如何将此类可交互图象上传至自己的Hexo博客。 以.html格式导出交互式图象在R中运行以下代码，图象会以’.html’格式默认保存在R项目文件夹中。 123456789101112131415161718192021222324252627# 安装必要包if (!require("plotly")) install.packages("plotly")if (!require("htmlwidgets")) install.packages("htmlwidgets")library(plotly)library(htmlwidgets)# 一次性获取所有需要的数据meta_data <- FetchData(pbmc3k.final, vars = c("ident", "PC_1", "nFeature_RNA"))#...
生信小记：Seurat包的数据可视化方法
在这篇教程中，我们会沿用上一篇教程处理好的数据来进行演示。 先做一些前期准备，安装并加载好R包，下载并加载好数据（或者直接运用上一篇教程中处理好的数据）。 12345678910111213141516171819202122install.packages(c("Seurat","patchwork","ggplot2","SeuratData"))#下载SeuratData包时报错显示：package ‘SeuratData’ is not available for this version of...
【医学影像学】消化系统检查方法、正常表现和基本病征
学习要求 掌握：食管和胃肠道有关的正常影像解剖 掌握：食管和胃肠道的基本异常影像学征象 了解：常见胃肠道疾病的影像学检查方法的比较和选择 消化道影像学检查方法X线 造影检查按检查方法及范围分类 口服钡餐造影（oral barium opacification）： 食管吞钡检查（至贲门）、上消化道钡剂检查、小肠钡剂造影 钡剂灌肠造影（barium enema） ：结肠造影 空气灌肠造影：肠套叠 经内镜逆行胆胰管造影 （Endoscopic Retrograde Cholangio-Pancreatography, ERCP）：胆道病变 引入对比剂的种类 传统钡剂造影法: 钡剂单对比造影...
生信小记：Seurat的常见分析工作流程：以PBMC_3K数据集为例
更新日志2025/4/26 更正了“确认数据集维度”中，对肘部图意义解释的错误。 修改了“执行非线性降维”引语中，对于PCA降维不足之处的表述。 在“创建Seurat对象”中，新增对于读入文件的解释。 修正了一些排版错误。 在网上找了好几篇Seurat包的教程发现对新手都不太友好……遂自己写了一篇…… 创建Seurat对象我们将对10X Genomics免费提供的PBMC数据集进行分析，包括2700个由Illumina NextSeq测序平台测序的单细胞。我们的原始数据包括3个文件：barcodes.tsv、genes.tsv、matrix.mtx。分别用于存储每个单细胞的细胞条形码、基因的标识符和名称、存储基因表达数据。 数据的读取Read10X()函数可以从10X cellranger pipeline的输出中读取数据，并形成一个唯一的分子识别（UMI）计数矩阵。矩阵中的每个值代表所测序的每个细胞中的每个特征（如基因）。对于h5文件格式的文件，可以用Read10X_h5()读取。 10X Cell Ranger Pipeline 是 10X...
