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医学影像学
【医学影像学】呼吸系统病变的基本征象
肺部基本病症片状影病理基础:渗出和实变 渗出是炎症的病理过程 实变是指肺泡内气体被病理渗出液或组织所替代,见于肺炎、渗出性结合、肺出血、肺水肿等。 X线表现 密度稍增高、较均匀密影,边缘模糊,中心密度稍高,周边渐低 与正常肺组织无清楚界限;在肺叶边缘可边界清楚,全叶实变以叶间裂为界...
医学影像学
医学影像学
【医学影像学】总论
医学影像学基本概念利用X线、CT、MRI、超声、核素、DSA等等多种影像技术所形成的影像对临床疾病进行诊断或影像引导治疗的学科。 学科划分 放射影像学:X线、CT、MRI、介入放射学 核医学:核素显像、PET-CT(PET-MRI)、SPECT、放射性核素治疗 超声医学:超声诊断、超声引导治疗、超声射频治疗 X线X线的产生在 X 线管内,高速行进的电子流被靶物质的原子阻挡而发生能量转换,其中约1%的能量转变为 X 线。 X线的本质波长很短的电磁波,以光速沿直线前进,波长为0.01nm10nm。X线诊断用0.031nm0.008nm(40~150kV)。 X线的特性: 穿透性:X线能穿过可见光不能穿过的物体。管电压越高,X线波长越短,穿透力越强。X线穿过时会被衰减。穿透能力也与所穿过的物质的厚度、密度相关,这是X线的成像基础。 荧光效应(透视基础):X线能激发荧光物质(如钨酸钙)发出可见光。 感光效应:X线使溴化银感光形成潜影:溴化银(Ag+)→...
医学影像学
生信小记:使用Seurat包处理多模态数据
生信小记:使用Seurat包处理多模态数据
在一次实验中,我们可以对同一个细胞测量不同分子层面的数据(如基因表达、蛋白质表达、表观遗传修饰、空间分布等等),所测得的数据我们称之为多模态数据(multimodal data)。例如,CITE-seq可以同时检测单细胞的转录组RNA和表面蛋白表达水平;10X Multiome可以同时测量单细胞的转录组RNA和ATAC(染色质可及性)。本篇文章将以一个包括8617个脐带血单个核细胞(CBMC)的CITE-seq结果(包含转录组RNA测序和表面蛋白丰度估计值)的数据集,介绍如何使用Seurat包对多模态数据进行分析。 导入数据,创建Seurat对象,并加入RNA和表面蛋白数据官方教程中介绍的方法如下: 12345678910111213141516171819202122232425262728library(Seurat)library(ggplot2)library(patchwork)# 注意:这份数据同时存在人和小鼠的细胞,分别冠有"HUMAN_"和"MOUSE_"的前缀。# 导入RNA数据cbmc.rna <-...
生信分析